Deakins dilahirkan di Torquay di daerah Inggeris Devon.[3] Bapanya mengusahakan sebuah syarikat pembinaan, manakala ibunya seorang pelakon dan pelukis amatur.[4] Deakin menghadiri Torquay Boys' Grammar School.[5] Dia mula melukis sejak kecil, dan kemudiannya mendaftar ke Akademi Seni Bath di Bath, Somerset, tempat dia belajar reka bentuk grafik. Semasa belajar di Bath, Deakins mengembangkan minat untuk fotografi; dia memetik jurugambar Roger Mayne, yang ketika itu menjadi pensyarah jemputan di akademi, sebagai sumber inspirasi utama.[4][6]

Selepas kolej, Deakins memohon ke Sekolah Filem Kebangsaan yang baru dibuka, tetapi ditolak kemasukan kerana fotografinya dianggap tidak cukup untuk "berfilem". Dia menghabiskan tahun berikutnya mengembara di luar bandar, mengambil gambar kehidupan luar bandar di North Devon, sebelum akhirnya diterima masuk ke Sekolah Filem Kebangsaan pada tahun 1972.